Общая медицина: нефрология

ё. Наряду с работой на кафедре с 1955 руководил созданным им Институтом грудной хирургии (ныне Институт сердечно-сосудистой хирургии им. А. Н. Бакулева).
Бакулев — разносторонний хирург, создатель школы хирургов. Разрабатывал хирургию почек, костную хирургию, хирургическое лечение язвенной болезни, изучал опухоли средостения и лёгких. Один из пионеров нейрохирургии в СССР (разработал метод консервативного лечения абсцессов мозга и др.). В годы Великой Отечественной войны внедрил метод активной обработки огнестрельных ран, активного удаления инородных тел, разработал методики проведения хирургического лечения при ранениях позвоночника и черепа с обнажением мозга и др. За разработку проблем лёгочной хирургии удостоен Государственной премии СССР (1949), а за работы по хирургии сердца (первым в СССР в 1948 произвёл операцию по поводу врождённого порока сердца) — Ленинской премии (1957)
. Депутат Верховного Совета СССР 3—5-го созывов. Награжден 3 орденами Ленина, 2 другими орденами, а также медалями.